يستند الهيكل الإداري لبرلمان الشباب إلى هيئتين أساسيتين:
أولاً: مجلس برلمان الشباب: يعد الهيئة التشريعية، ويضم حالياً ممثلين عن أكثر من 100 مؤسسة شبابية. وينظم المجلس برئاسة رئيس يتولى مسؤولية تنظيم وإدارة اجتماعاته. ويتوزع أعضاء المجلس على ست نطاقات رئيسية:
1. منظمات وتنظيمات الفتيات
2. اتحادات الطلاب
3. غرف الطوارئ
4. منظمات وشبكات المجتمع المدني والجماعات المطلبية
5. الأجنحة الشبابية بالأحزاب السياسية والحركات
6. برلمانات الشباب المحلية
ثانياً: الأمانة العامة: تعمل بوصفها الذراع التنفيذي لبرلمان الشباب. وتتألف من 18 مكتباً، يرأس كل مكتبٍ مدير ينتخب من بين أعضاء المجلس.

1- توحيد القوي المدنية السودانية للضغط من أجل إيقاف الحرب فوراً والعمل على استعادة مكتسبات ثورة ديسمبر المجيدة وتحقيق شعاراتها، مبادئها وأهدافها.
2- خروج المؤسسة العسكرية من العمل في مجال السياسة والاقتصاد وإلزامها بأداء الواجبات والمهام المتعارف عليها وإعادتها إلى ثكناتها.
3- حل قوات الدعم السريع، الجيوش الموازية والمليشيات المسلحة، وتكوين جيش مهني واحد ذا عقيدة وطنية. 4- إصلاح المنظومة الأمنية والمؤسسات العدلية في البلاد.
5- اعتماد مبدأ المحاسبية وذلك بالتحقيق في كل الجرائم والانتهاكات الجسيمة لحقوق الإنسان وتلك التي وقعت بالمخالفة لأحكام القانون الدولي لحقوق الإنسان والقانون الدولي الإنساني قبل وبعد حرب 15 أبريل 2023 وتقديم المسؤولين عن ارتكابها للمحكمة الجنائية الدولية تفعيلا لمبدأ عدم الإفلات من العقاب.
6- تفعيل مبدأ العدالة الانتقالية لإنصاف المتضررين وجبر الضرر باعتباره وسيلة فعالة لتحقيق السلام الاجتماعي وصولاً لتحقيق السلام المستدام.
7- وضع برنامج اقتصادي إصلاحي عاجل لمعالجة انهيار مؤسسات الدولة ودعم قطاع الخدمات الأساسية من صحة وتعليم مع وضع حلول عاجلة للضائقة المعيشية التي يعاني منها المواطن وإعادة إعمار ما دمرته الحرب.
8- إعلاء قيم المواطنة على أساس مبدأ المساواة ونبذ خطاب الكراهية والعنصرية والقبلية وإعمال قيم السلام والتسامح وقبول الآخر ونشر ثقافة السلام وترسيخ مبادئ الديمقراطية والحكم الرشيد وسيادة حكم القانون وتفعيل مبادئ الشفافية والمحاسبية ومكافحة الفساد.
9- وحدة الحركة المدنية السودانية واستعادة دورها الرائد في إرساء مبادي الديمقراطية وبناء دولة القانون والمواطنة.
10- المحافظة على سيادة ووحدة الدولة السودانية ومؤسساتها واستعادة دورها الرائد والفاعل على المستوي الإقليمي والدولي.

1- تطوير أطر عمل وسياسات عامة تتقارب مع أولويات الشباب وتطلعاتهم.
2- تعزيز الدعم التنموي والاستثمار في المشروعات الشبابية والمبادرات التي يقودونها.
3- إشراك الشباب في العمليات السياسية التي تستهدف وقف الحرب وبناء النظام السياسي الديمقراطي، وتمثيلهم في صنع واتخاذ القرارات.
4- تطوير أنظمة تعليم وصحة وتشغيل وحماية تتماشي مع احتياجات الشباب، والحد من شرعية تجنيدهم بالمليشيات.

1- رفع الوعي بأجندة الشباب وبيان أهميتها ودورها في الحفاظ على وحدة وتماسك النظام الديمقراطي وتحقيق أهدافه.
2- الحفاظ على مكتسبات الشباب وحماية حقوقهم والدفاع عنهم.
3- صياغة رؤية شبابية واضحة، تضمن إشراكهم في بناء نظام سياسي ديمقراطي مستدام.
4- بناء قدراتهم وتمكينهم من لعب دور رئيسي في جهود وقف الحرب وإعادة البناء.
5- إعادة هيكلة العمليات والتفاعلات السياسية بما يقاربها مع أولوياتهم.
6- حشد الموارد اللازمة لدعم الشباب بمختلف المجالات.
7- تكملة بناء برلمان شباب السودان.